RTO的运行能耗主要是电和燃料。一旦设备定型了，电耗基本恒定，风机可采用变频控制省电，这里不做讨论，我们主要讨论燃料的问题。因废气风量、浓度的不稳定，在启动及运行过程中，需要经常补充燃料(常用柴油、天然气)以维持燃烧室温度。
燃料消耗多少，关键取决于蓄热陶瓷的蓄热能力，通常以能够维持正常运行而不需补充燃料所需的最低VOC浓度来衡量能耗高低。此数值越低，则能耗越低。性能超好的RTO此数值可达450×10-6mg/L。另外，能量损耗主要是尾气带走的热量和表面散热损失，尾气带走热量与废气量和进出口温差相关，尾气温度越低、进出口温差越大，则能耗越低。表面散热损失体现在箱体表面温度与环境的温度差，保温效果好则温差小，散热损失小。当然，能耗还有可能跟局部地方保温薄弱及高温气体泄漏有关。
企业在选择RTO时，设计厂家的风量及有机物浓度参考值需要综合考虑，风量选择过大，VOCs浓度偏小，运行能耗高。风量选择过小，VOCs浓度偏大，容易在炉膛发生回火、闪爆等安全事故，且高浓度有机废气在输送过程中也容易因静电等发生爆炸事故。因此，设计时应适当放大风量，降低安全风险。还可以采用变频控制等手段，根据生产情况调节风机风量，以降低能耗。
在运行过程中，应优化控制手段，在废气进炉膛前，尽可能除掉入口喷淋塔带来的水分，减少水分汽化所需的热量;同时，还应优化进出风时间、保持燃烧室温度、加强阀门密封度等，还可在进气风管采用计量泵与蒸发器组合的方式，人为控制一些不可套用的废溶剂的蒸发，在废气VOC较低时提高VOC浓度，以达到不使用燃料就能维持正常燃烧的目的，从而减少燃料消耗。一般来说，维持正常运行对VOC浓度的要求远低于其爆炸下限，还可根据炉膛温度随时调整或关闭废溶剂的蒸发，所以其安全风险是可控的。
